Vitest の restoreMocks はとりあえず true でいいと思います

設定で restoreMocks: true を指定した方がいいです。

https://vitest.dev/config/#restoremocks

vitest.config.tsimport { defineConfig } from 'vite';

export default defineConfig({
  test: {
    restoreMocks: true,
  },
});

やることは、beforeEach のタイミングで vi.restoreAllMocks() をしてくれるイメージです。
vi.restoreAllMocks()（あるいは mock.mockRestore()）は、call history をリセットし、かつ vi.fn(impl) の形式でモックした関数についてはその impl の振る舞いに戻ります。 これにより、誤って別の suite での呼び出しについて assertion してしまったり、振る舞いの変更が他の suite に影響を及ぼしたりするようなことを予め避けることができます。

Vitest（Jest でも同じようですが）では、モックのリセットに reset、clear、restore の 3 種類があり紛らわしいですが、restore が reset、clear で行うことを包含している形になっているので、基本的には restoreMocks の設定を有効にしておくのが良いかと思っています。 詳しくはドキュメントを参照してください。

以下のようなテストコードを想定します。
別記事からの使い回しなので若干例として冗長ですが、ご了承ください。

user-profile.test.tsximport { render } from '@testing-library/react';
import { UserProfile } from './user-profile';

const useUserQuery = vi.hoisted(() => 
  vi.fn(() => ({
    data: { name: 'John Doe' },
  })),
);
vi.mock('./use-user-query', () => ({ useUserQuery }));

describe('UserProfile', () => {
  it('ユーザー名が表示されること', () => {
    const { getByText } = render(<UserProfile />);
    expect(getByText('John Doe')).toBeInTheDocument();
  });

  it('データが取得中の時、ローディング UI が表示されること', () => {
    // モック関数の返り値を変更する
    useUserQuery.mockReturnValue({
      data: undefined,
    });

    const { getByText } = render(<UserProfile />);
    expect(getByText('Loading...')).toBeInTheDocument();
  });

  it('ユーザーページへのリンクが表示されること', () => {
    const { getByRole } = render(<UserProfile />);
    expect(getByRole('link', { name: 'John Doe' })).toBeInTheDocument();
  })
});

上記の 'ユーザーページへのリンクが表示されること' の suite は、useUserQuery が最初にモックされたままの実装であることを期待していますが、直前の suite 内の以下の箇所で { data: undefined } を返す状態になってしまったままなので、リンクが表示されず fail します。

useUserQuery.mockReturnValue({
  data: undefined,
});

restoreMocks が有効である場合、mockReturnValue() によって加えられたモック関数への変更は、すべて初めに vi.fn() に渡した implementation に restore されるため、このような問題は起きません。

以下のようなテストは restoreMocks が有効でない場合 fail します。

show-toast-button.tsximport { useToast } from './use-toast';

type Props = {
  disabled?: boolean;
};

export function ShowToastButton({ disabled = false }: Props) {
  const { showToast } = useToast();

  const onClick = () => showToast('Hello!');

  return (
    <button onClick={onClick} disabled={disabled}>
      Show Toast
    </button>
  );
}

show-toast-button.test.tsximport { ShowToastButton } from './show-toast-button';
import userEvent from '@testing-library/user-event';

const showToast = vi.hoisted(() => vi.fn());
vi.mock('./use-toast', () => ({
  useToast: vi.fn(() => ({ showToast })),
}));

describe('ShowToastButton', () => {
  it('ボタンがクリックされた時、トーストが表示されること', async () => {
    const { getByRole } = render(<ShowToastButton />);
    await userEvent.click(getByRole('button', { name: 'Show Toast' }));
    expect(showToast).toHaveBeenCalled();
  });

  it('disabled が true の時、クリックしてもトーストが表示されないこと', async () => {
    const { getByRole } = render(<ShowToastButton disabled />);
    await userEvent.click(getByRole('button', { name: 'Show Toast' }));
    expect(showToast).not.toHaveBeenCalled();
  });
});

stdoutAssertionError: expected "spy" to not be called at all, but actually been called 1 times

restoreMocks が有効であれば、呼び出し履歴が suite ごとにリセットされるので、テストコードはそのままで pass します。

こういうことが起こった / 起こりそうな時に、テストファイル単位で以下を記載する、でも良いのかもしれませんが、基本的にはこのような変更が suite 間で共有されることを期待することはないと思うので、全体の設定で良いと思っています。

beforeEach(() => {
  vi.restoreAllMocks();
});

suite 記載外のモック関数の変更が保持されていることを期待するテストについては、挙動が変わるので落ちます。
大きいプロジェクトで、落ちるテストも多いと設定の変更はなかなか難しいと思うので、取り急ぎ新しく書くファイルについては以下のようにファイル単位で設定してしまう、でも良いかと思います。vi.setConfig() のスコープはファイルなので、他に影響しません。

vi.setConfig({ restoreMocks: true });